【前言】呼吸系统与外界相通，存在正常菌群，微生物组成尤为复杂，定植菌与感染菌的鉴别困难。不同的呼吸系统感染类型，优选标本的类型不尽相同；不同标本类型的检测结果，解读原则也不尽相同。《呼吸系统感染中mNGS临床应用与结果解读专家共识》一文，针对上呼吸道感染（病毒感染等）、下呼吸道感染（LRTIs）（肺炎、肺脓肿、支气管扩张伴感染等）和胸腔感染，为临床样品送检和解读提供参考。
共识内容
《呼吸系统感染中mNGS临床应用与结果解读专家共识》给出了23条推荐意见，包含临床适应症、标本的选择和报告解读等方面，并首次针对呼吸道mNGS结果详述了不同类型标本检出不同微生物的临床意义，为呼吸系统感染中mNGS技术临床应用及报告解读提供了依据。
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适应症
疑似LRTIs的危重症患者、免疫功能抑制患者的呼吸系统感染、疑似慢性肺部感染或难治性感染，且既往治疗效果不佳、疑似呼吸道感染暴发且病原体不明等情况。
对于标本采集操作难度高、标本重复采集可能性低的样本，如通过有创性操作获取的组织标本，经皮肺穿刺组织、经支气管镜肺活检组织及经超声支气管镜淋巴结穿刺活检组织等。
厌氧菌培养需要绝对厌氧环境，且通常为合并感染，故常规培养阳性率低，因此对于怀疑厌氧菌引起的肺脓肿、坏死性肺炎或其他肺部感染，建议采集避免口腔菌群污染的标本（如下呼吸道标本、经皮穿刺肺活检组织及胸腔积液）的情况。
样本选择类型
涉及到的标本类型主要包括：BALF、痰液、组织液、鼻咽拭子液、胸腔积液/脓液、外周血。
☞怀疑感染的肺部弥漫性病变，建议首选支气管肺泡灌洗液（BALF）；若无法耐受有创性检查，建议选择诱导痰、咳痰或者经上呼吸道吸痰标本。
☞怀疑病毒性LRTIs者，建议同时送检下呼吸道标本进行DNA＋RNA检测；若无法获得下呼吸道标本，建议采集鼻咽拭子或外周血送检mNGS。
☞对于肺部外周性病灶、局限性病灶或纵膈、纵膈/肺门淋巴结肿大，应根据病灶的特点，个体化选择有创性操作方式获取组织送检。
☞对于疑似肺部感染而无法取得呼吸道标本患者，建议采集外周血送检mNGS。
☞对于肺部病灶疑似为全身疾病累及的患者，建议采集其他局部病灶作为次选标本，送检mNGS。
总结
呼吸系统标本mNGS检测结果解读需遵循以下原则：检出结果需结合临床表现、实验室检查及胸部影像学；检出结果需结合其他传统微生物报告，并通过其他检测技术进行交叉验证；结合检出微生物的种类、特异性序列数级相对丰度判断其为致病菌、定植菌还是背景菌；若单一标本无法判定是否致病微生物，有条件情况下可结合多个不同类型标本的检测结果判断。
一、痰标本或BALF检出上呼吸道常见定植微生物，考虑定植；检出不存在或很少存在于口腔的病原体考虑致病微生物。
二、呼吸道标本检出结核分枝杆菌复合群（MTBC，包括MTB、卡内蒂分枝杆菌、非洲分枝杆菌和牛分枝杆菌），即使序列数极少，考虑致病微生物；检出非结核分枝杆菌（NTM）考虑其为致病微生物的可能性；检出丝状真菌（如：隐球菌属、曲霉属、毛霉属等），序列数较低，需结合影像学、血清学、组织病理学等考虑其为致病微生物的可能。
三、医院获得性肺炎/呼吸机相关肺炎（HAP/VAP）患者检出条件致病菌，需要将检出序列数、相对丰度与机械通气、临床信息、影像学证据综合考虑是否为致病微生物。
四、免疫功能抑制患者检出的低毒力病原体，需考虑致病微生物可能大。
五、检出高传染性或高致病性病原体，无论特异性序列数多少都应充分重视，需对检测结果进行复核以及使用其他检测技术验证。
六、不同标本同时检出同一病原体，需重点关注，不一致时需要结合其他因素综合分析。
达瑞检验
病原微生物宏基因组检测
█ 项目简介
达瑞检验利用宏基因组学对疑似感染的样本进行检测，通过与微生物专用数据库耐药基因数据库及毒力因子数据库比对结合智能化算法分析，获得疑似致病微生物的种属、耐药基因、毒力基因等信息，形成专业客观的检测报告，提出精准用药方案，为疑难危重感染病人提供快速、准确的检测服务。
█ 技术路线
直接从临床标本中提取微生物总核酸构建宏基因组文库，获取全部微生物群落组成及功能，经过数据库比对及生物信息学分析确定感染微生物种类及耐药信息。
█ 检测内容
█ 检测样本
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